Primer período 1872-1884

Antes de analizar los diferentes episodios del conflicto entre la Iglesia católica y la Masonería durante este periodo, es necesario tratar de explicar brevemente la causa de esta pugna entre ambas instituciones. El historiador Vargas (2015) ofrece una contextualización del asunto asociado al periodo histórico y la ideología liberal; dice:
“Una ruptura innegable que plantea el liberalismo con el pasado es su carácter secular: con ello, se trascienden las explicaciones y postulados metafísicos y se busca en el mismo ser humano su fin (por lo que en las propias organizaciones sociales recae  onseguir y permitir esta meta). De igual forma, la razón adquiere sentido especial, puesto que se constituye en una nueva vía para entender el mundo, lo cual difiere de la visión religiosa (del catolicismo y la mayoría de las religiones) que lo hace por medio de la fe. Causa y consecuencia de esa nueva visión es el cuestionamiento del dogma eclesiástico y la reivindicación del derecho a la libre discusión de la problemática entre lo espiritual, la divinidad y el ser humano. De allí parte la afirmación fundamental de que todas las  eligiones son formas de culto esencialmente humanas, por lo cual no es admisible darles significados trascendentales. No es casual que el ascenso que tiene, en este proceso, la agrupación de la Masonería.” Este proceso señalado con anterioridad se dio de manera similar (con algunas variaciones), en muchos países de Latinoamérica, por ejemplo en México, durante el gobierno de Benito Juárez. Ahora bien, como se verá a través de este trabajo, en Costa Rica las diferencias entre las autoridades católicas y los
masones no eran pocas.
Quizás uno de los antecedentes del empeoramiento de las relaciones entre ambas instituciones (Iglesia y Masonería) se daría alrededor del año 1872. Es en este año donde los masones costarricenses toman por primera vez acciones que afectarán directamente a grupos eclesiásticos como los jesuitas. Como ya se dijo, para ese año, el presidente de la República era el General Tomás Guardia. Este decide hacer un viaje a Europa dejando temporalmente en el poder al masón licenciado José Antonio Pinto. Además, en junio se  embarca en el vapor Honduras rumbo a Panamá, acompañado de su hija mayor y del presbítero Francisco Calvo.
Según explica Obregón, Guardia, quien tenía una estrecha amistad con Calvo, aprovecha el viaje que realiza junto a este para solicitarle ingreso en la orden. De este modo, al arribar a Panamá, solicita inmediatamente iniciación en la Logia Estrella
del Pacífico No.33 de ese país. Gracias a la mediación del Calvo y a la importancia política del candidato, los trámites de su iniciación fueron acortados o incluso suprimidos, y el 3 de julio de 1872 se le conceden los tres grados de la Masonería simbólica, y se le extiende un diploma de Maestro Masón.