Segundo periodo 1884-1899

Es durante esta época que se dan las condiciones para que el conflicto entre las autoridades eclesiásticas y la Masonería comiencen a recrudecer. Por ejemplo, a raíz de los personajes que se vieron envueltos en los acontecimientos, se establece una relación entre la expulsión de los Jesuitas del país y la Masonería, cuando en realidad esta no tuvo mucho que ver en el asunto. Según nos explica Obregón (1938-b, pp. 56-57), en una sesión del Congreso de la República en junio de 1884, se denuncia que los Jesuitas y otros grupos clericales similares estaban permitiendo a jóvenes costarricenses hacer su noviciado para ingresar a estas comunidades religiosas. Existía un previo acuerdo al momento de ingreso al país, que les impedía hacer esto, es decir, tenían impedimento de  iniciar neófitos en sus órdenes y habían transgredido este acuerdo.
En consecuencia, el presidente nombra una comisión investigadora que presenta posteriormente un proyecto de ley prohibiendo el establecimiento de órdenes monásticas o comunidades religiosas en el país y el ingreso de nuevos miembros en las mismas. El proyecto fue discutido en 3 sesiones y aprobado por amplia mayoría. Los miembros de la Compañía de Jesús (Jesuitas), como medida de represalia, alteran el orden público ante la abierta aprobación del Obispo Thiel. Dada esta situación, el congreso aprueba una moción para suspender las garantías individuales de la Constitución Política, propuesta por el diputado don A. de Jesús Soto, medida aplaudida por la gran mayoría de la opinión pública (Obregón.1938-b, 58).
El 18 de julio de 1884 se firma el decreto por medio del cual se expulsa del país al Obispo Bernardo Augusto Thiel y a los miembros de la Compañía de Jesús que se encontraban establecidos en Cartago; este decreto fue recibido con gran aceptación por parte de la sociedad costarricense. Al día siguiente, 19 de julio, se decretó la secularización de los cementerios. Dato curioso y sugerente es el hecho de que el Obispo Thiel era masón grado 18. Cabe entonces preguntarse si realmente fue la Masonería la que estuvo detrás de la expulsión de los jesuitas del país; sin embargo, este mito se propagó en la historia y, como se verá, será uno de los tantos factores que alimentarán el resentimiento que guardaban las autoridades católicas con la Masonería.
Como se ha observado a través de este trabajo, la primera fase de la represión de la iglesia en contra de la Masonería comenzó al mismo tiempo en que se regularizó esta última a partir de 1865. Sin embargo, como se vio, el recrudecimiento de este conflicto se da realmente a partir de 1872 con el asunto de los jesuitas. A partir de 1884, con la expulsión de estos, se inicia todo un proceso de secularización del estado costarricense, llevado a cabo por los masones de ideas liberales que ostentaban el poder político en ese momento, como Próspero Fernández y luego Bernardo Soto. Por ejemplo, se declara la secularización de los cementerios, se introduce el matrimonio y el divorcio civil, la administración de los hospitales pasa a manos estatales, se proscribe la enseñanza religiosa, entre otras.